Se você tem um ambiente com vagrant bem configurado (ou equivalente), como é o caso dos devs da Itelios, então a coisa é tão simples quanto:

No Netbeans, botão direito no seu projeto, escolha Propriedades. Selecione Run Configuration no painel da esquerda e clique em Advanced no painel central.

Agora mapeie a pasta do seu vagrant para a pasta local do seu computador:

Pronto!  Foi muito fácil não? Agora se você não tem um vagrant tão bem configurado assim, você talvez precise instalar e configurar o Xdebug, vamos lá:

Instalar XDebug

Basta rodar o comando:

sudo pecl install xdebug

Configurar XDebug

Para isso, crie um arquivo xdebug.ini na pasta /etc/php5/conf.d, com o seguinte conteúdo:

zend_extension=/usr/lib/php5/20090626+lfs/xdebug.so

xdebug.remote_connect_back=1
xdebug.default_enable=1
xdebug.remote_autostart=0
xdebug.remote_enable=1
xdebug.remote_port=9000
xdebug.remote_handler=dbgp
xdebug.max_nesting_level = 200
xdebug.remote_host=10.0.2.2

A primeira linha desse arquivo contém um path meio estranho. Acredito que no momento da instalação da extensão o PEAR deve dizer qual o path no qual ele instalou a extensão. Se você não reparou ou caso ele não diga, você pode descobrir o path do seu xdebug através de:

 find / -name 'xdebug.so' 2> /dev/null

Esse comando demora um pouco para executar, e se você tiver mais de uma versão de xdebug instalado, eu usaria a mais recente.

Agora, basta reiniciar o seu Apache com sudo service apache2 restart e clicar no botão Debug do NetBeans (ou Ctrl+F5).

Ah! Não se esqueça de fazer os passos do início deste post para configurar seu NetBeans!